V mnoha případech mohou být finální položky vyráběny za pomocí různých alternativních komponent. V APS lze tyto alternativy modelovat dvěma způsoby:
- pomocí alternativních operací - každá z operací může pro výrobu využívat rozdílné položky a zdroje (viz kapitola Příklad č.xxx - Výběr alternativních materiálů prostřednictvím alternativních operací),
- alternativní materiály operací - je použita jedna operace, která má více alternativních materiálů operací (viz kapitola Příklad č. xxx - Výběr alternativních materiálů na základě alternativních materiálů operací).